Информация о статье
2000 г., Том 5, Спец. выпуск, с.87-99
Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Ватолин Ю.Н., Бажан С.И.
Обобщенный химико-кинетический метод моделирования сложных биологических систем. Компьютерная модель онтогенеза бактериофага Lambda
Предложен обобщенный химико-кинетический метод моделирования, основанный на блочном принципе описания динамики функционирования биологических систем произвольной сложности в терминах элементарных процессов. Разработан алгоритм конструирования моделей сложной молекулярно-генетической системы из отдельных блоков, описывающих элементарные процессы. В рамках обобщенного метода построена динамическая модель онтогенеза фага в клетке E.coli. В рамках модели описаны процессы репликации в - и -формах, транскрипция генов и трансляция мРНК, функции промоторов , , , , , конститутивного терминатора , Q-регулируемого -независимого терминатора транскрипции и N-регулируемых -зависимых терминаторов транскрипции , , , , , -сайтов, а также функции белков exo, xis, beta, gamma, N, cI (-repressor), cII, cIII, cro (tof, antirepressor), O, P, Q, S, R, контролирующих все основные этапы реализации генетической программы развития фага в клетке. Предложенный алгоритм конструирования моделей из подмоделей "генов" по заданной "генетической" карте позволяет рассчитывать динамику функционирования практически любого генетического варианта, который можно сконструировать из генов фага .
Библиографическая ссылка: Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Ватолин Ю.Н., Бажан С.И. Обобщенный химико-кинетический метод моделирования сложных биологических систем. Компьютерная модель онтогенеза бактериофага Lambda // Вычислительные технологии. 2000. Т. 5. Специальный выпуск, посвященный 10-летней годовщине Лаборатории теоретической генетики Института цитологии и генетики СО РАН. С. 87-99
|